Wir schreiben das Jahr 2116. Die japanische Regierung setzt das Sibyl-System ein, um Verbrechen schon im Keim zu ersticken. Obwohl Polizei-Inspektorin Akane Tsunemor inzwischen genauer weiß, wie Sibyl funktioniert, steht sie immer noch im Dienste des Amtes für Öffentliche Sicherheit. Als ein Anschlag in Japan noch in der Planungsphase verhindert werden kann, stößt das Ermittlerteam auf Spuren aus dem Ausland. Indizien weisen auf Akanes vorherigen Vollstrecker Shinya Kogami als Mitschuldigen hin. Dieser scheint sich einer Gruppe von Rebellen in der Bürgerkriegsregion South East Asia Union (SEAUn) angeschlossen zu haben. Allein reist Akane zu der dort befindlichen Insel Shambala Float, auf der das Sibyl-System getestet wird, um es weiter zu exportieren. Dort will Akane Shinya Kogami ausfindig machen.