Nach der Scheidung der Eltern sind die Zwillingsbrüder Jared und Simon (Freddie Highmore) gezwungen mit deren Schwester Mallory (Sarah Bolger) und deren Mutter (Mary-Louise Parker) in das alte Haus des verstorbenen Ur-Großonkels Arthur Spiderwick (David Strathairn) außerhalb von New York zu ziehen. Durch Zufall entdecken die Kinder Thimbletack (Martin Short), ein Wichtelmännchen, das unbemerkt im Haus des Onkels sein Dasein fristet. Und als wäre das nicht schon ungewöhnlich genug, fällt Jared ein altes Buch über die Welt der Kobolde, Feen und anderer Zauberwesen in die Hände. Eh sich die Kinder versehen, geraten sie in eine wilde Verfolgungsjagd, angestachelt vom bösen Oger Mulgarath (Nick Nolte), die nur von Arthurs einziger Tochter Lucinda (Joan Plowright) und dem guten Hauskobold Hogsqueal (Seth Rogen) gestoppt werden kann.