Nachdem Jason Bourne (Matt Damon) in den vorangegangenen drei Teilen nicht nur sein Gedächtnis, sondern auch seine Freundin verloren hat und einen eigenen Feldzug gegen die ihn jagende CIA antrat, um endlich hinter das Geheimnis seiner Vergangenheit zu gelangen, ist er mithilfe von Nicki Parsons (Julia Stiles) untergetaucht. Doch das Leben eines auf der Flucht lebenden Agenten mit besonders modifizierten Fähigkeiten, kann nie lange ruhig bleiben. Denn inzwischen weiß Jason Bourne zwar, wer er ist, aber nicht, was diejenigen, die ihn erschaffen hatten, mit ihm vorhatten. Also versucht er - verfolgt von CIA-Agenten wie Heather Lee (Alicia Vikander) und Robert Dewey (Tommy Lee Jones) - die versteckten Wahrheiten in seiner Vergangenheit zu finden.