Die Geschichte von Königin der Wüste widmet sich dem Leben der 1868 geborenen Gertrude Bell (Nicole Kidman), die in ihrer Eigenschaft als Historikerin, Schriftstellerin und Angehörige des britischen Geheimdienstes eine maßgebliche Rolle bei der Weichenstellung für die politische Neuordnung des Nahen Ostens vor und nach dem Ersten Weltkrieg spielte. Da sie in ihrer Heimat England keinen passenden Mann finden konnte, machte sich Gertrude auf den Weg nach Teheran. Eine Liebschaft mit Henry Cadogan (James Franco), seines Zeichens ein durchtriebener Diplomat und Spieler, sollte ihr Leben für immer verändern: Gertrude beschließt den Enttäuschungen in ihrem privaten Leben Adieu zu sagen. Fortan will sie als Forschungsreisende das Land erkunden. Schnell erlernt sie viele Sprachen, beschäftigt sich mit der Kultur der Region und beginnt zudem literarische Texte zu übersetzen. In Kairo, Basra und Bagdad trifft Gertrude auf zahlreiche Würdenträger des muslimischen Glaubens und verdient sich deren Respekt und Vertrauen. Während das Osmanische Reich zusammenbricht, fungiert sie als Vermittlerin zwischen den Fronten, sprich: zwischen dem Orient und dem britischen Empire. Nach den verheerenden Geschehnissen des Ersten Weltkriegs tritt sie bei Grenzverhandlungen in Aktion und trifft schließlich auf den Mann, an dem sie ein letztes Mal ihr Herz verlieren soll: T.E. Lawrence (Robert Pattinson).