Spanien 1792: Das ganze Land steht unter dem Schreckens-Diktat der Inquisition. Die katholische Kirche fürchtet um den Verlust ihrer Vormachtstellung. Der Hofmaler Goya (Stellan Skarsgård) bangt um das Leben seiner Geliebten und Muse, der Bürgertochter Inés (Natalie Portman), die der Ketzerei bezichtigt wird. In den Fängen der fanatischen Folterknechte der Inquisition leidet die junge Frau Höllenqualen und es scheint unmöglich, sie zu befreien. Der skrupellose Pater Lorenzo (Javier Bardem), den Goya besticht, nutzt die Lage des Mädchen aus und vergewaltigt sie im Gefängnis. Um die Unsinnigkeit der durch Folter erzwungenen Geständnisse vorzuführen, bringt Inés' Familie Pater Lorenzo dazu, ein Dokument zu unterschreiben, in dem er selbst zugibt, ein Affe zu sein. Als das Dokument veröffentlicht wird, wird Lorenzo von der Kirche als Ketzer angeklagt und nach Frankreich verbannt. Erst 16 Jahre später wird Inés von Napoleons Armee befreit. Sie ist eine gebrochene Frau, die in der Zelle eine Tochter gebar. Mit der Hilfe Goyas sucht Inés den Erzeuger ihres Kindes Alicia, das in die Prostitution getrieben wurde: den verschollenen Lorenzo