Magical Mystery spielt im Deutschland der 1990er, ein paar Jahre nach der deutschen Wiedervereinigung: Anders als so manch anderer Deutsche hat Karl Schmidt (Charly Hübner) die Wende allerdings nicht gut verkraftet. Als die Mauer fiel, brach der drogennehmene Künstler zusammen und wurde in eine psychiatrische Klinik eingeliefert. Als Karl die Anstalt endlich wieder verlassen darf, hat Deutschland sich verändert. Am stärksten bekommt er das zu spüren, als er in Hamburg einigen alten Freunden (Detlev Buck, Marc Hosemann, Annika Meier) über den Weg läuft. Diese haben sich inzwischen nämlich einen Namen als Techno-Musiker erworben und wollen als gefeierte Stars mit ihrem Label nun auf einer Magical-Mystery-Tour durch die Bundesrepublik reisen. Weil sie dafür einen unalkoholisierten Fahrer benötigen, werben sie Karl aus seiner beaufsichtigten Wohngemeinschaft für Therapiebedürftige ab und nehmen ihn mit auf einen verrückten Road Trip, auf dem sie die Hippies der 1960er mit den Ravern der 1990er zusammenbringen wollen.