Ein Jahr nach dem vierten Weltkrieg wird New Port City von einer Bombe erschüttert. Ein wichtiger Waffenhändler mit Verbindungen zu der mysteriösen Organisation 501 wird dabei getötet. Cyborg und Hackerin Motoko Kusanagi soll in dem Fall ermitteln. Zur gleichen Zeit muss Major Kusanagi gegen einen neuen Virus kämpfen.