Captain Dylan Hunt, Mitglied der Ehrengarde des intergalaktischen Commonwealth, wird bei einem Fluchtversuch mit seinem Schiff "Andromeda" in ein schwarzes Loch gezogen und 300 Jahre in der Zeit eingefroren. Nachdem die Andromeda von einem Bergungsschiff befreit wurde, muss Hunt feststellen, dass das bekannte Universum im Chaos versunken ist und sein Commonwealth nicht mehr existiert. Zusammen mit der Besatzung des Bergungsschiff versucht Hunt nun das Commonwealth wieder aufzubauen und für Recht und Ordnung zu sorgen ...