Die Menschheit hat die letzte unerforschte Region bevölkert, den Ozean. Mit der seaQuest DSV (DSV steht für Deep Submergence Vehicle, englisch für „Tieftauchfahrzeug"), einem U-Boot der „United Earth/Oceans Organisation" (kurz UEO genannt, dem Serien-Pendant zur UNO), begibt sich Captain Nathan Bridger (in der 3. Staffel: Captain Oliver Hudson) mit seiner Mannschaft auf große Fahrt.