There Was Never Just One: Jason Bourne (Matt Damon) war nur die Spitze des Eisbergs, denn es gibt da noch einen weiteren Geheimagenten, der eigentlich schon längst tot sein sollte: Aaron Cross alias Kenneth Kitson (Jeremy Renner). In dessen Leben ist durch die von Jason Bourne ausgelösten Ereignisse einiges ins Rollen gekommen, wodurch ein Wettlauf um Leben und Tod entbrennt. Auch in Das Bourne Vermächtnis versucht der Geheimagent Cross wie sein Vorgänger, seine Vergangenheit zu erforschen. Cross ist einer der Agenten der Operation Outcome, dem Programm, das die CIA aufgrund der Geschehnisse aus Das Bourne Ultimatum abbrechen musste. Wichtige Informationen zu seiner Identität erhofft er sich von der Wissenschaftlerin Stephanie Snyder (Rachel Weisz), die nur knapp dem Amoklauf eines Schläfers und wenig später einem Exekutionskommando der Geheimorganisation entkommt (letzteres mithilfe von Cross). Von ihr erfährt Cross, dass er eine Art wissenschaftliches Experiment ist: An ihm wurden genetische Modifikationen vorgenommen, um seine physischen Fähigkeiten zu optimieren. Dr. Snyder war zwar auch an den Optimierungen beteiligt, ist von dem Plan der CIA, Cross und die weiteren Agenten zu töten, völlig entsetzt. Sie versucht, Cross zu helfen, doch CIA-Agent Byer (Edward Norton) ist ihnen bereits auf den Fersen