Edward (Ryôsuke Yamada) und sein kleiner Bruder Alphonse versuchen mit Hilfe von Alchimie, ihre verstorbene Mutter wieder zum Leben zu erwecken. Der Versuch geht jedoch schrecklich nach hinten los. Während Edward einen Arm und ein Bein verliert, verliert Alphonse seinen gesamten Körper. In der Hoffnung, ihre Körper wieder in Ordnung zu bringen, machen sich die beiden auf die Suche nach dem Stein der Weisen.