Nachdem die Erde in Independence Day die böswilligen Außerirdischen von ihrer Invasion, nicht aber von der Zerstörung zahlreicher Großstädte und deren Wahrzeichen, abhalten konnte, ist die Welt 20 Jahre später nicht mehr dieselbe. Das liegt nicht zuletzt daran, dass die Menschheit sich die außerirdische Technologie angeeignet hat, um ihre Heimat wieder aufzubauen und sich für einen möglichen weiteren Angriff zu wappnen. Die Aufregung hat sich inzwischen zwar gelegt, doch haben die vor zwei Dekaden besiegten Aliens ein Signal ins All gesendet, um Unterstützung von ihren galaktischen Verbündeten anzufordern. Und dieser Hilferuf wird 20 Jahre später beantwortet. Nun sieht sich die nächste Generation mit der außerirdischen Bedrohung konfrontiert: Dylan (Jessie Usher) muss auf einmal das Erbe seines heldenhaften Stiefvaters Captain Steven Hiller antreten. Die Tochter des ehemaligen Präsidenten Whitmore (Bill Pullman) versucht, eine Beziehung zu einem der Kampfpiloten (Liam Hemsworth) aufzubauen, während die Bedrohung immer stärker wird. Außerdem bietet Wissenschaftler David Levinson (Jeff Goldblum) die Erfahrungen an, die er in der letzten Invasionswelle gesammelt hat.