New York Saints beginnt mit einer Tragödie: Am Silvesterabend des Jahres 1987, als Jude Keffy-Horn (Asa Butterfield), sein bester Freund Teddy (Avan Jogia) in ihrer Heimatstadt Besuch von ihrer neuen Bekannten Eliza (Hailee Steinfeld) bekommen, stirbt Teddy an einer Drogen-Überdosis. Der eigentlich mit seiner Mutter Harriet (Julianne Nicholson) und Schwester Prudence (Nadia Alexander) in Vermont lebende Punk Musik-Liebhaber Jude ist daraufhin am Boden zerstört und wird zu seinem Vater Les (Ethan Hawke) nach Manhattan geschickt. Dort beginnt Jude, mit Teddys Halbbruder Johnny (Emile Hirsch) Zeit zu verbringen, der mit seinen Freunden eine Band hat und als Hare-Krishna-Anhänger nach dem Motto “keine Drogen, kein Sex, kein Fleisch, kein Alkohol” lebt. Außerdem tritt Jude erneut mit Eliza in Kontakt, welche die Tochter von Di (Emily Mortimer), der Freundin seines Vaters ist. Dabei findet er heraus, dass Eliza schwanger ist - und zwar von seinem verstorbenen Freund Teddy. Die zusammengewürfelte dysfunktionale Familie muss nun neu zusammenwachsen, um der 16-Jährigen durch ihre Schwangerschaft zu helfen.