Die Liga der außergewöhnlichen Gentlemen, bestehend aus Allan Quatermain (Sean Connery), Captain Nemo (Naseeruddin Shah), Mina Harker (Peta Wilson), Rodney Skinner (Tony Curran), Tom Sawyer (Shane West), Dorian Gray (Stuart Townsend) und Dr. Jekyll/Mr.Hyde (Jason Flemyng), wird beauftragt einen maskierten Bösewicht, genannt das Phantom, zu finden. Dieser plant nämlich, die Lagunenstadt Venedig im Meer versinken zu lassen und das zu der Zeit, in der sich führende Politiker dort befinden. Der Liga bleiben nur wenige Tage, um diesen perfiden Plan zu vereiteln.